L'attuale struttura del transetto, o braccio trasversale della chiesa, rispecchia quella dell'antica chiesa romanica, tranne che per la volta a botte, che sostituì le antiche capriate lignee, e per le cappelle laterali, oggi di forma quadrangolare ma in origine costituite da absidi semicircolari, come è visibile nel varco lasciato aperto nella cappella a destra, intitolata ai Quattro Evangelisti. Il recente scavo ha permesso alla soprintendente Maria Fortunati di appurare che l'abside a sinistra dedicata a S. Martino fu costruita nel XII secolo sui resti di un precedente oratorio alto-medioevale. Al centro vi è una volta a crociera con costoloni rettangolari risalente con ogni probabilità al 1140: sovrastava il coro dei monaci e l'altare maggiore caratterizzando la parte più sacra e importante dell'edificio. In occasione degli imponenti lavori di rinnovamento della chiesa, nel 1569 fu eseguita la decorazione pittorica del transetto con le Storie della Passione di Cristo ad affresco. Delle due pale d'altare eseguite per le cappelle sopravvive solo quella raffigurante Cristo crocifisso con i Quattro Evangelisti, dipinta dal Baschenis insieme all'emergente Giovan Battista Guarinoni, oggi conservata presso l'Accademia Carrara. Nei primi decenni del Seicento, su iniziativa dell'abate don Angelico Grassi, le cappelle laterali vennero rifabbricate e dotate di nuovi altari, mentre all'inizio del secolo successivo la pareti del transetto furono ammodernate con affreschi e tele dipinte da vari artisti tra cui Pietro Paolo Raggi (1709) e Bernardo Luca Sanz (1710).(Alessandra Civai, Lisa Fracassetti)Per approfondire :I tesori perduti di AstinoIl restauro di Astino
Cristoforo Baschenis il Vecchio, Storie della Passione di Cristo
Francesco Zucco, Santi
Bernardo Luca Sanz, Cristo e la Samaritana al pozzo
Altare dei Quattro Evangelisti
Tavoletta devozionale del "Domine quo vadis?"