In seguito alla soppressione del monastero nel 1797 iniziò la dispersione del patrimonio artistico di Astino. Nell'inventario del 1803 risultavano già mancanti diverse opere, tra cui alcune di Daniele Crespi, Carlo Ceresa e Giovan Battista Cesareni. Dal 1832, con la nuova destinazione d’uso del convento a manicomio cittadino, la necessità di colmare il vuoto creatosi sugli altari a seguito della soppressione portò alla collocazione di nuovi dipinti, di ignota provenienza. Tra questi un’Annunciazione eseguita da Giuseppe Cesareo nel 1683, andata poi dispersa, e uno Sposalizio di Santa Caterina d'Alessandria di Marcantonio Cesareo, recentemente recuperato in stato lacunoso. Nei primi decenni del Novecento il patrimonio artistico della chiesa registrò un ulteriore impoverimento. Scomparvero la pala in stucco con la Resurrezione eseguita da Giovanni Sanz, che si trovava sull’altare della cappella del S. Sepolcro, i Misteri del Rosario incastonati negli stucchi della Cappella della Madonna e sette dipinti di Francesco Zucco fissati al palco della cantoria. A partire dal 1973, con il passaggio di proprietà del monastero a una società privata, si verificò un ulteriore depauperamento dei beni artistici. Ad oggi risultano mancanti varie opere tra cui una statua lignea cinquecentesca della Madonna col Bambino, già nella cappella della Madonna del Rosario, la tela di Defendente Ghislandi raffigurante San Benedetto salva Placido dalle acque, collocata sulla parete sinistra del presbiterio, e la pala di Francesco Zucco raffigurante San Benedetto tra San Bernardo degli Uberti e il beato Guala. Niente è dato sapere sulla sorte di queste opere, alcune delle quali di notevole importanza artistica e devozionale.(Alessandra Civai, Lisa Fracassetti)