Il declino del monastero iniziò nel 1769 quando a seguito della riforma degli Ordini Regolari, imposta da Venezia, il monastero di Astino fu separato dalla casa madre vallombrosana con l'elezione di un abate locale autorizzato dalla Serenissima. Con la caduta della repubblica di Venezia nel 1797 l'istituzione religiosa fu definitivamente soppressa: i monaci dovettero andarsene e i beni della secolare istituzione furono municipalizzati confluendo tra quelli dell'Ospedale maggiore di Bergamo che aveva necessità di rientrare dei debiti. Dopo una ristrutturazione architettonica su progetto di Giacomo Bianconi, nel 1832 il monastero fu riconvertito in manicomio con reparti separati per donne e uomini, che per la prima volta nella storia della città poterono beneficiare di un ricovero ampio e salubre. Molti ambienti furono suddivisi da soppalchi e setti murari per far fronte alle nuove esigenze, mentre lungo il braccio nord del chiostro, rimasto incompiuto fino a quel momento, fu costruito un colonnato per agevolare i movimenti di medici e malati. Inoltre fu progettata nei campi di fronte al monastero la costruzione di un manicomio per ceti abbienti, che rimase però solo una pia intenzione, documentata in due dipinti di Pietro Ronzoni. Dopo il trasferimento del manicomio ad altra sede nel 1892, il monastero e il podere annesso furono affittati a scopi agricoli con la disastrosa demolizione, nel 1910, dell'ala est del chiostro per agevolare il passaggio dei carri. Con la vendita a privati dell'intero complesso nel 1932 il degrado e l'incuria aumentarono ulteriormente, accresciuti da furti e asportazioni indebite fino al 2007 quando, con l'acquisto da parte della Congregazione della Misericordia Maggiore, il monastero e la sua chiesa sono stati messi in sicurezza, catalogati e sottoposti a completo restauro, ancora in corso.(Alessandra Civai, Lisa Fracassetti)